一、核酸內切酶(endonuclease)在核酸水解酶中，為可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶，與核酸外切酶相對應。從對底物的特異性來看，可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般來說，大都不具堿基特異性，但也有諸如脾臟RNase、RNaseT1等或限制性內切酶那種能夠識別并切斷特定的堿基或堿基序列的酶。
 

　　二、原理作用：
 

　　(1)限制性酶切反應速度與底物的性質有很大的關系，底物的單雙鏈結構、分子的構型、DNA鏈中酶識別位點的數目以及位點附近的序列等都影響著酶的催化反應。共價閉合環(huán)(超螺旋構型)DNA比其相應的線性分子的酶解作用要慢，要使超螺旋構型DNA降解，需要的酶量就大。
 

　　(2)對于DNA-RNA雜合雙鏈的酶切作用，Molloy等用EcoRI等8種酶切時，結果其DNA鏈可被切割，但酶用量比雙鏈DNA大20-50倍。部分限制性酶還可切割單鏈DNA，如HaeⅢ等。
 

　　三、分類：
 

　　(1)Ⅰ型限制酶為復合功能酶，具有限制-修飾兩種功能，但在DNA鏈上沒有固定的切割位點，一般在離切割位點1kb到幾kb的地方隨機切割，不產生特異性片段。
 

　　(2)Ⅲ型酶與Ⅰ型酶基本相似，不同的是Ⅲ型酶有特異性的切割位點，但這兩類酶對DNA酶切分析的意義不大，通常所說的限制性內切酶是指Ⅱ型酶，它能夠識別與切割DNA鏈上的特定的核苷酸順序，產生特異性的DNA片段。